由我国著名男科学专家张敏建教授创建，是福建中医药大学中西医结合男科和中医外科学临床博士、硕士授权点，中国中西医结合学会男科专业委员会主任委员单位。先后承担国家级、省部级、厅局级科研课题二十余项；获得国家级、省级科技成果及优秀论文奖近十项。二十多年来，科室发挥中医中药治疗男科疾病的特色与优势，善用中医经典方药、针刺艾灸等非药物疗法，治疗各种男科疾病。科内拥有艾可合剂、萆藿汤、石萆汤、桃花葚精汤、摄血汤等专科制剂，有效治疗慢性前列腺炎、性功能障碍（阳痿、早泄）、男性不育症（无精子症、少弱精子症）、血精病等常见男科疾病；独创经直肠盆底经络揉推法、会阴三联针治疗疑难复杂性慢性前列腺炎（少腹痛、会阴痛、腰骶痛等）。科室以中医药为特色，扬中融西，中西医优势互补。科室拥有男科专科生殖实验室，开展精液检测，精浆生化检测、尿流率检测等专科项目，为临床诊断治疗提供依据，达到精准医疗目的。开展男科常规手术，微创缝合器包皮环切术、隐匿性矫形术、蹼状阴茎矫形术等其他阴茎阴囊畸形矫形术；还开展前沿技术——男科显微镜手术，可进行显微镜下精索静脉曲张修复术、输精管附睾吻合术、输精管端端吻合术、附睾肿物切除术等，通过男科显微镜精细重建修复精道，达到治疗梗阻性无精子症等疾病。